游戏的战斗系统采回合制，由我方四个怪兽轮流发动攻击，而攻击的操作方式就是玩家触押画面任一处，并朝着攻击目标的反方向向后滑动，此时会出现箭头，从箭头延伸的长度大致可以看出发射的力道。

    游戏中造成敌人伤害的来源有两种，一种是怪兽自身的冲撞攻击，另一种是撞击伙伴后产生的“友情 Combo”。

    此外当怪兽头像右下角的倒数冷却时间归零时，将会显示出“OK”的字样，这时只要点击一下头像就能启动角色专有的必杀技。配上声优热血的配音，将弹珠击发出去吧！

    《怪物弹珠 》也采用了属性相克的元素，游戏中有木、火、水、光、闇五种属性，水克火、火克木、木克水而光与闇属性则是互相克制。此外当队伍里同属性怪兽增加时，该属性的基础攻击值也会随着增加。

    除了属性元素之外，最有趣的元素就是怪兽的“速度指数（スピード）”了，速度指数会反应在怪兽的冲刺持续力，速度快的怪兽可以制造更多的撞击次数，若再搭配怪兽自身的加速系技能与画面上的“加速鞋”，冲刺的持续力将再次提升。